История изолятора начинает свой отсчет с 1806 года, когда было построено первое капитальное каменное здание острога и обошлось казне в 17,5 тысяч рублей. Посещавший два раза Таганрог, император Александр I, оба раза осматривал тюремный замок, интересовался условиями содержания. По его личному указанию в 1818 году на территории острога были высажены деревья «… которые давали бы тень арестантам».
Сегодня следственный изолятор функционирует в ногу со временем и развитием уголовно-исполнительной системы, в его деятельности используется современные системы охраны и видеонаблюдения, ведется планомерная работа по улучшению коммунально-бытовых условий содержания обвиняемых и подозреваемых, проводятся капитальные и косметические ремонты помещений.
В связи со знаменательной датой, руководство и коллектив СИЗО-2 поздравил начальник ГУФСИН России по Ростовской области полковник внутренней службы Дмитрий Безруких:
«Профессионализм и самоотдача всего коллектива позволяют добиваться положительных результатов по обеспечению соблюдения прав и законных интересов подозреваемых, обвиняемых и осужденных, находящихся в следственном изоляторе. Сотрудники, работающие в учреждении – это энергичные и любящие свой труд люди, которым по силам преодолеть любые трудности».